中央政府性基金收入预算数为4271.65亿元，决算数为4178.12亿元，为预算的97.8%。加上2015年结转收入249.84亿元以及当年地方上解收入7.59亿元，中央政府性基金收入总量为4435.55亿元。中央政府性基金支出预算数为4519.82亿元，决算数为3999.98亿元，完成预算的88.5%，其中:中央本级支出预算数为3405.23亿元，决算数为2889.86亿元，完成预算的84.9%；中央对地方转移支付预算数为1114.59亿元，决算数为1110.12亿元，完成预算的99.6%。中央政府性基金收入大于支出435.57亿元。根据《国务院关于印发推进财政资金统筹使用方案的通知》（国发〔2015〕35号）等有关文件的规定，对于2016年中央政府性基金收入大于支出435.57亿元做如下处理：一是新增建设用地土地有偿使用费、南水北调工程基金、烟草企业上缴专项收入3个项目结余资金26.35亿元自2017年起由政府性基金转列一般公共预算；二是对仍纳入政府性基金预算管理的项目，将其结转资金超过其当年收入30%的部分110.72亿元补充预算稳定调节基金；三是其余298.50亿元仍列政府性基金预算，结转下年支出。各项基金管理制度及预算执行情况具体如下：
一、中央农网还贷资金。经国务院批准，2001年财政部印发了《农网还贷资金征收使用管理办法》（财企〔2001〕820号）。该基金对农网改造贷款“一省多贷” （省市区的农网改造工程贷款由多个电力企业承贷）的省、自治区、直辖市电力用户征收，并分别安排给国家电网公司和南方电网公司专项用于农村电网改造贷款还本付息。征收标准为按社会用电量每度电2分钱，由电网企业在向用户收取电费时一并收取。
2016年中央农网还贷资金收入预算数为119亿元，决算数为127.52亿元，为预算的107.2%。2016年中央农网还贷资金支出预算数为124.73亿元，决算数为124.73亿元，完成预算的100%。
二、铁路建设基金。经国务院批准，1991年原国家物价局发布了《关于提高铁路货物运价的通知》（价费字〔1991〕125号），将铁路货物运价每吨公里平均提高2厘，此次调价收入专项用于铁路建设，形成了最初的铁路建设基金。自1992年以来，该项基金征收标准又进行了三次调整，目前征收标准为每吨公里农药1.9分，磷矿石2.8分，其他大宗货物3.3分，粮食、棉花、农用化肥、黄磷免征铁路建设基金。该项基金征收范围是经国铁正式营业线和执行统一运价的运营临管线运输的整车、零担和集装箱货物。该项基金用于国家计划内大中型铁路建设项目以及与建设有关的支出，主要包括：铁路基本建设项目投资、购置铁路机车车辆、与建设有关的还本付息等支出。
2016年铁路建设基金收入预算数为459.79亿元，决算数为394.11亿元，为预算的85.7%。主要是铁路货运周转量增长低于预期，基金收入相应减少。2016年铁路建设基金支出预算数为459.79亿元，决算数为394.04亿元，完成预算的85.7%。主要是基金按照“以收定支”的原则安排，该基金收入未完成预算，支出相应减少。
三、民航发展基金。经国务院批准，2012年财政部印发了《民航发展基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2012〕17号）。在中国境内乘坐国内、国际和地区（香港、澳门和台湾，下同）航班的旅客，以及在中国境内注册设立并使用中国航线资源从事客货运输业务的航空运输企业和从事公务飞行的通用航空企业，应缴纳民航发展基金。航空旅客的基金缴纳标准为：乘坐除支线航班以外的国内航班旅客每人次50元；乘坐国际和地区航班的旅客每人次90元（含旅游发展基金20元）。航空企业按照飞行航线分类、飞机最大起飞全重、飞行里程以及适用的征收标准缴纳基金。民航发展基金的使用范围包括：机场飞行区、航站区、机场围界、民航安全、空中交通管制系统等基础设施建设；对支线航空、中小型民用运输机场进行补贴；民航节能减排；通用航空发展；加强持续安全能力和适航审定能力建设等。经国务院批准，2015年财政部印发了《关于民航发展基金和旅游发展基金有关问题的通知》（财税〔2015〕135号），规定民航发展基金征收延长至2020年12月31日。
2016年民航发展基金收入预算数为339.57亿元，决算数为344.03亿元，为预算的101.3%。主要是民航客货运输周转量增长高于预期，基金收入相应增加。2016年民航发展基金支出预算数为374.89亿元，决算数为305.63亿元，完成预算的81.5%。主要是具备条件的项目储备不足。
四、港口建设费。经国务院批准，2011年财政部会同交通运输部印发了《港口建设费征收使用管理办法》（财综〔2011〕29号）。该基金征收标准为：国内出口货物每重量吨4元；国外进出口货物每重量吨5.6元。国内出口集装箱和内支线集装箱20英尺每箱32元，40英尺每箱48元；国外进出口集装箱20英尺每箱64元，40英尺每箱96元。南京以上长江干线港口和其他内河港口在上述征收标准的基础上减半征收。该基金实行中央与地方8:2分成，主要用于沿海港口公共基础设施建设、内河水运建设、支持保障系统建设等。
2016年港口建设费收入预算数为150亿元，决算数为161.24亿元，为预算的107.5%。主要是对外开放港口货运量增长高于预期，基金收入相应增加。2016年港口建设费支出预算数为162.06亿元，决算数为157.36亿元，完成预算的97.1%。
五、旅游发展基金。为促进我国旅游业发展，1991年国务院批准设立了旅游发展基金，从乘坐国际和地区航班出境的中外旅客缴纳的机场管理建设费中提取，标准为每人每次20元，纳入政府性基金预算管理，分为中央本级资金和补助地方项目资金。其中，中央本级资金按照《财政部关于印发<旅游发展基金中央本级资金支出管理办法>的通知》（财行〔2011〕765号）管理，主要用于国家旅游局旅游宣传促销方面支出；补助地方项目资金按照《财政部国家旅游局关于印发<旅游发展基金补助地方项目资金管理办法>的通知》（财行〔2009〕47号）管理，重点用于补助中西部地区A级以上旅游景区（点）基础设施、公共服务设施建设及旅游业转型升级项目。从1991年至今，旅游发展基金历经三次延期。经国务院批准，2015年12月财政部印发了《关于民航发展基金和旅游发展基金有关问题的通知》（财税〔2015〕135号），规定旅游发展基金征收延长至2020年12月31日。
2016年旅游发展基金收入预算数为11.88亿元，决算数为12.32亿元，为预算的103.7%。主要是出境旅客人数增长高于预期，基金收入相应增加。2016年旅游发展基金支出预算数为14.33亿元，决算数为10.99亿元，完成预算的76.7%。主要是地方具备执行条件的项目储备不足。
六、国家电影事业发展专项资金。2015年，财政部、国家新闻出版广电总局印发了《国家电影事业发展专项资金征收使用管理办法》（财税〔2015〕91号），规定按办理工商注册登记的经营性电影放映单位电影票房收入的5%计征国家电影事业发展专项资金，并按照4:6比例分别缴入中央和省级国库。使用范围包括：资助影院建设和设备更新改造，资助少数民族语电影译制，资助重点制片基地建设发展，奖励优秀国产影片制作、发行和放映，全国电影票务综合信息管理系统建设和维护等。
2016年国家电影事业发展专项资金收入预算数为10亿元，决算数为9.55亿元，为预算的95.5%。主要是电影票房收入增长低于预期，基金收入相应减少。2016年国家电影事业发展专项资金支出预算数为13.29亿元，决算数为13.26亿元，完成预算的99.8%。
七、新增建设用地土地有偿使用费。2006年，财政部会同国土资源部、中国人民银行印发了《关于调整新增建设用地土地有偿使用费政策等问题的通知》（财综〔2006〕48号）。新增建设用地土地有偿使用费是国务院或省级人民政府在批准农用地转用、征用土地时，向取得出让等有偿使用方式的新增建设用地的县、市人民政府收取的费用。该基金收入30%上缴中央财政，70%上缴省级财政，专项用于基本农田建设和保护、土地整理和耕地开发等支出。
2016年新增建设用地土地有偿使用费收入预算数为230亿元，决算数为207.95亿元，为预算的90.4%。2016年新增建设用地土地有偿使用费支出预算数为305.28亿元，决算数为274.12亿元，完成预算的89.8%。主要是该项基金收入未完成预算，相应减少支出。
八、南水北调工程基金。2004年，国务院办公厅印发了《南水北调工程基金筹集和使用管理办法》（国办发〔2004〕86号）。该基金在南水北调工程受水区的北京市、天津市、河北省、河南省、山东省、江苏省范围内筹集，通过提高水资源费征收标准增加收入等方式筹集，专项用于南水北调主体工程建设。2014年，财政部会同国家发展改革委、水利部、国务院南水北调办印发了《关于南水北调工程基金有关问题的通知》（财综〔2014〕68号），规定已完成基金上缴任务的北京市、天津市、江苏省、山东省、河南省取消基金，河北省自2014年至2018年应上缴欠缴基金46.1亿元，平均每年上缴9.22亿元。
2016年南水北调工程基金收入预算数为9.22亿元，决算数为1.63亿元，为预算的17.7%。欠缴基金7.59亿元由河北省通过年终结算上解中央财政。2016年南水北调工程基金支出预算数为8.49亿元，决算数为8.49亿元，完成预算的100%。
九、中央水库移民扶持基金。经国务院批准,2016年财政部印发了《关于取消、停征和整合部分政府性基金项目等有关问题的通知》（财税〔2016〕11号），将大中型水库移民后期扶持基金、跨省（区、市）大中型水库库区基金、三峡水库库区基金合并为中央水库移民扶持基金。具体征收政策、收入划分、使用范围等仍按现行规定执行。原大中型水库移民后期扶持基金根据《大中型水库移民后期扶持基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2006〕29号）规定，对省级电网企业在本省（区、市）区域内扣除农业生产用电后的全部销售电量加价征收,该项基金专项用于扶持大中型水库农村移民解决生产生活问题。原大中型水库库区基金根据《大中型水库库区基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2007〕26号）规定，从有发电收入的大中型水库发电收入中筹集，根据水库实际上网销售电量，按不高于8厘/千瓦时的标准征收，主要用于支持实施库区及移民安置区基础设施建设和经济发展规划，支持库区防护工程和移民生产、生活设施维护，解决水库移民的其他遗留问题。原三峡水库库区基金按照三峡电站机组实际上网销售电量和一定标准计征，主要用于三峡库区维护和管理、三峡库区及移民安置区基础设施建设和经济发展等。
2016年中央水库移民扶持基金收入预算数为275.92亿元，决算数为281.06亿元，为预算的101.9%。2016年中央水库移民扶持基金支出预算数为265.6亿元，决算数为258.08亿元，完成预算的97.2%。
十、中央特别国债经营基金财务收入。经国务院批准，2008年财政部印发了《中央财政外汇经营基金管理办法》（财金〔2008〕118号）。该项基金收入来源于中国投资有限责任公司经营收益和所得税收入，用于支付设立中央特别国债经营基金时发行特别国债的利息支出及相关发行手续费。
2016年中央特别国债经营基金财务收入预算数为670.77亿元，决算数为682.79亿元，为预算的101.8%。2016年中央特别国债经营基金财务支出预算数为682.87亿元，决算数为682.87亿元，完成预算的100%。
十一、彩票公益金。根据《彩票管理条例》、《彩票管理实施细则》以及《财政部关于印发<彩票公益金管理办法>的通知》（财综〔2012〕15号），彩票公益金是按照规定比例从彩票发行销售收入中提取的，专项用于社会福利、体育等社会公益事业的资金。彩票公益金分配政策是：中央与地方按5:5比例分配。中央集中彩票公益金收入按60%、30%、5%和5%的比例分配至全国社会保障基金、中央专项彩票公益金、民政部和国家体育总局。其中，中央专项彩票公益金使用范围包括：红十字事业、残疾人事业、医疗救助、教育助学、未成年人校外教育事业、文化、扶贫、养老服务、法律援助等。
2016年彩票公益金收入预算数为526亿元，决算数为528.67亿元，为预算的100.5%。2016年彩票公益金支出预算数为515.82亿元，决算数为473.26亿元，完成预算的91.7%。主要是执行中一些项目未完全具备实施条件。
十二、国家重大水利工程建设基金。经国务院批准，2009年财政部会同国家发展改革委、水利部印发了《国家重大水利工程建设基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2009〕90号）。该基金利用三峡工程建设基金停征后的电价空间设立，用于解决南水北调工程建设资金缺口、三峡工程后续问题以及加强中西部地区重大水利工程建设。该基金对除西藏自治区、国家扶贫开发工作重点县农业排灌用电以外的全国销售电量计征，维持三峡工程建设基金原征收标准，从2010年1月1日至2019年12月31日，征收10年。南水北调和三峡工程14个受益省份筹集的基金，全额上缴中央国库，由中央财政安排用于南水北调工程建设、三峡工程后续工作和支付三峡工程公益性资产运行维护费用、支付基金代征手续费；南水北调和三峡工程16个非受益省份筹集的基金，全额上缴省级国库，由相关省份安排用于本地重大水利工程建设。
2016年国家重大水利工程建设基金收入预算数为312.71亿元，决算数为306.29亿元（其中：从一般公共预算调入38.81亿元），为预算的97.9%。主要是社会用电量增长低于预期，基金收入相应减少。2016年国家重大水利工程建设基金支出预算数为304.2亿元，决算数为261.82亿元，完成预算的86.1%。主要是执行中一些项目未完全具备实施条件。
十三、核电站乏燃料处理处置基金。经国务院批准，2010年财政部会同国家发展改革委、工业和信息化部印发了《核电站乏燃料处理处置基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2010〕58号），规定凡拥有已投入商业运行五年以上压水堆核电机组的核电厂，应按照实际上网销售电量和0.026元/千瓦时的标准缴纳乏燃料处理处置基金，主要用于乏燃料运输、离堆贮存、后处理、高放废物的处理处置以及乏燃料后处理厂建设、运行、改造和退役等支出。
2016年核电站乏燃料处理处置基金收入预算数为15.51亿元，决算数为15.64亿元，为预算的100.8%。2016年核电站乏燃料处理处置基金支出预算数为18.75亿元，决算数为0.52亿元，完成预算的2.8%。主要是该项基金主要用于大型商用乏燃料后处理厂的建设，目前该项目尚未立项，基金只安排少量支出用于乏燃料运输和离堆贮存等。
十四、可再生能源电价附加。经国务院批准，2011年财政部会同国家发展改革委、国家能源局印发了《可再生能源发展基金征收使用管理暂行办法》（财综〔2011〕115号）。可再生能源发展基金包括一般公共预算安排的专项资金和依法向电力用户征收的可再生能源电价附加收入。可再生能源电价附加自2012年1月1日起对除西藏自治区以外的各省（区、市）扣除农业生产用电后的销售电量征收，专项用于可再生能源发电电价补贴。2016年，财政部会同国家发展改革委印发了《关于提高可再生能源发展基金征收标准等有关问题的通知》（财税〔2016〕4号），规定自2016年1月1日起将各省（自治区、直辖市，不含新疆维吾尔自治区、西藏自治区）居民生活和农业生产以外全部销售电量的基金征收标准，由每千瓦时1.5分提高到每千瓦时1.9分。
2016年可再生能源电价附加收入预算数为652.33亿元，决算数为647.84亿元（其中：从一般公共预算调入90亿元），为预算的99.3%。主要是各省扣除农业生产用电后的销售电量增长低于预期，基金收入相应减少。2016年可再生能源电价附加支出预算数为689.99亿元，决算数为595.06亿元，完成预算的86.2%。主要是执行中一些项目未完全具备实施条件。
十五、船舶油污损害赔偿基金。经国务院批准，2012年财政部会同交通运输部印发了《船舶油污损害赔偿基金征收使用管理办法》（财综〔2012〕33号），明确自2012年7月1日起，凡在我国管辖水域内接收从海上运输持久性油类物质（包括原油、燃料油、重柴油、润滑油等持久性烃类矿物油）的货物所有人或其代理人应当按照每吨持久性油类物质0.3元的标准缴纳船舶油污损害赔偿基金，专项用于船舶油污损害及相关费用的赔偿、补偿。
2016年船舶油污损害赔偿基金收入预算数为1.25亿元，决算数为1.40亿元，为预算的112%。2016年船舶油污损害赔偿基金支出预算数为1.62亿元，决算数为零。主要是当年未发生船舶油污损害赔偿、补偿事件。
十六、废弃电器电子产品处理基金。经国务院批准，2012年财政部会同环保部、国家发展改革委、工业和信息化部、海关总署、国家税务总局印发了《废弃电器电子产品处理基金征收使用管理办法》（财综〔2012〕34号），规定自2012年7月1日起，由国家税务局和海关向电器电子产品生产者、进口电器电子产品的收货人或者其代理人征收基金，用于废弃电器电子产品回收处理费用的补贴。
2016年废弃电器电子产品处理基金收入预算数为50亿元，决算数为26.1亿元，为预算的52.2%。主要是电器电子产品进出口贸易低于预期。2016年废弃电器电子产品处理基金支出预算为47.16亿元，决算数为47.14亿元，完成预算的100%。
十七、烟草企业上缴专项收入。2016年烟草企业上缴专项收入的收入预算数为376亿元，决算数为375.41亿元，为预算的99.8%。2016年烟草企业上缴专项收入安排的支出预算数为376亿元，决算数为356.72亿元，完成预算的94.9%。主要是根据国务院批准政策安排。
十八、彩票发行和销售机构业务费。根据《彩票管理条例》、《彩票管理实施细则》以及《财政部关于将彩票发行机构业务费纳入政府性基金预算管理有关问题的通知》（财综〔2015〕10号）等规定，彩票发行和销售机构业务费由彩票发行和销售机构按照彩票销售额一定比例提取，自2015年起纳入政府性基金预算管理，专项用于彩票发行和销售活动。
2016年彩票发行和销售机构业务费收入预算数为61.7亿元，决算数为54.57亿元，为预算的88.4%。2016年彩票发行和销售机构业务费安排的支出预算数为154.95亿元，决算数为35.89亿元，完成预算的23.2%。主要是执行中一些项目未完全具备实施条件。
